Hz. İsa’nın 12 havarisinden biri olan St. Jean (St. John), diğer bir adıyla Aziz Yohanna, İncil’in yazarlarından biridir. Hz. İsa’nın da isteğiyle, Roma İmparatorluğu’nun baskılarından uzaklaşmak için İsa’nın annesi Meryem’i de alarak bu topraklara gelirler. Çünkü baskılar ölümle sonuçlanmaktadır.
Zulme maruz kalan öz kardeşi Jacob (Yakub) MS 42 yıllarında Kral Herod Agrippa tarafından kılıçla öldürülür ve havariler arasında ilk şehit Jacob olur. Öldükten sonra, vasiyeti üzerine Ayasuluk Tepesi‘ne gömülmüştür St. Jean. Ölümünden sonra haç planlı olarak inşa edilen kilisenin en büyük kubbesinin altında bulunan mezarı görülmeye değerdir.
Hristiyanlık'ın tarihinde önenmli yere sahip iki konsilin burada toplanmış olduğuna inaılması sebebi ile Konsiller Kilisesi olarak da bilinir.
Kilisenin yapım tarihinin Birinci Efes Konsili'nin veya 431 yılında toplanan 3. Ekümenik konsilinin tarihi ile uyuşacak şekilde 5. yüzyılın başlarında olduğuna inanılır. Son arkeolojik kazılar ise kilisenin 3. yüzyılda terkedilen bir Roma bazilikasının kalıntıları üzerine inşa edildiğini göstermiştir.
